Für die Hochschulen standen im Rahmen der ersten beiden Auswahlrunden in den Jahren 2006 bis 2012 insgesamt 1,9 Mrd. Euro zur Verfügung, 75% davon trägt der Bund. Konkret geht es beim Wettbewerb Exzellenzinitiative um drei projektorientierte Förderlinien, die auch bei der Fortsetzung erhalten bleiben
In den ersten beiden Auswahlrunden wurde ein zweistufiges Verfahren verwendet:

Die Fachkommission, die die Entscheidungen über die Graduiertenschulen und Exzellenzcluster aus wissenschaftlicher und fachlicher Sicht vorbereitet, besteht aus insgesamt 14 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern.
Die Strategiekommission, welche die Auswahl der Anträge in der Förderlinie "Zukunftskonzepte" vorbereitet, setzt sich aus sechs Mitgliedern der Wissenschaftlichen Kommission des Wissenschaftsrates und sechs der Wissenschaftlichen Kommission nicht angehörenden Mitgliedern zusammen. Letztere werden vom Vorsitzenden des Wissenschaftsrates im Einvernehmen mit den aus der Wissenschaftlichen Kommission gewählten Mitgliedern der Strategiekommission berufen. Alle Mitglieder der Fachkommission und der Strategiekommission bilden die Gemeinsame Kommission.
Erst im Bewilligungsausschuss sind die für Wissenschaft zuständigen Ministerinnen und Minister des Bundes und der Länder am Entscheidungsprozess beteiligt. Dieser Ausschuss setzt sich aus den 26 wissenschaftlichen Mitgliedern der Gemeinsamen Kommission sowie den Wissenschaftsministerinnen und Wissenschaftsministern des Bundes (16 Stimmen) und den 16 Ländern (je eine Stimme) zusammen. Die Mitglieder der Gemeinsamen Kommission (mit je 1,5 Stimmen) halten zusammen mit 39 zu 32 die Stimmenmehrheit im Bewilligungsausschuss.
In der Fortsetzung der Exzellenzinitiative wird dieses Verfahren beibehalten.
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(URL: http://www.bmbf.de/pubRD/pm19_2005-anlage-vereinbarung.pdf)
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Pressemitteilung der Bund-Länder-Kommission vom 29.03.2004 (URL: http://www.blk-bonn.de/pressemitteilungen/presse2004_07.htm)